Insgesamt setzte sich der NSDÄB das Ziel, nicht nur die Ärzteschaft, sondern das gesamte Gesundheitswesen dem nationalsozialistischen Führungsanspruch zu unterwerfen. Unter Dr. med. Gerhard Wagner, der 1932 die Führung des NSDÄB übernahm, entwickelten sich in der NSDÄB insbesondere antisemitische Tendenzen und die gesundheitspolitischen und weltanschaulichen Fragen wurden außerordentlich radikalisiert.
Die strukturelle Gliederung des NSDÄB folgte der der NSDAP, den einzelnen Gauen stand jeweils ein Gauobmann vor.
Um die Ärzteschaft allgemein dem nationalsozialistischen Führungsanspruch zu unterwerfen, bemühte sich Wagner einerseits, verschiedene alte Forderungen der Ärzte zu realisieren, wie z. B. die Anerkennung als freier Berufsstand, andererseits schaltete Wagner nach der Machtergreifung 1933 rigoros alle ärztlichen Standesverbände gleich. Nach der Gleichschaltung der ärztlichen Spitzenverbände widmete sich Wagner den Medizinalbehörden der Länder und Provinzen, deren Gleichschaltung ebenfalls rasch abgeschlossen werden konnte. Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 wuchs die Mitgliederzahl des NSDÄB sprunghaft an, 1942 zählte er ca. 46 000 Mitglieder. Nach Beginn des II. Weltkrieges verlor der NSDÄB rapide an Bedeutung, am 13.10.1943 wurde der Bund für die Dauer des Krieges geschlossen.